O Finep Pesquisa é uma metodologia inovadora que reduz prazos e aumenta a transparência e a qualidade da análise de projetos. Com ele, a Finep dá mais autonomia aos clientes e automatiza as tarefas mecânicas, dando maior celeridade à  execução dos projetos. A iniciativa engloba um sistema único no Brasil, que utiliza um conjunto de indicadores para classificar os projetos, dando mais garantia, celeridade e segurança às análises e permitindo que sejam acompanhados os resultados e impactos da aplicação dos recursos do Fundo Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (FNDCT).