Os recursos do FNDCT são executados através de duas unidades orçamentárias (UOs): a UO 74910 – Recursos sob Supervisão do FNDCT, cujo orçamento faz parte das Operações Oficiais de Crédito da União, onde estão os recursos para aplicação na ação de financiamento a empresas (nº 0A37) através de empréstimo à Finep, e a UO 24901 – FNDCT, onde estão as despesas discricionárias: as ações não reembolsáveis para apoio às ICTs e as operações especiais (subvenção econômica a empresas, investimento, equalização de recursos e garantia de liquidez), além da reserva de contingência. A UO 24901 recebe na LOA no mínimo 50% da arrecadação estimada para o exercício, enquanto a UO 74910 recebe os até 50% restantes.
Pode-se dividir a estrutura orçamentária do FNDCT em três grupos principais: Ações Verticais, Ação Transversal e Operações Especiais. As Ações Verticais e a Ação Transversal são ações direcionadas ao apoio a projetos de pesquisa e desenvolvimento tecnológico e de inovação de ICTs desenvolvidos de forma individual, cooperativos com empresas ou na forma de rede com a participação de outras ICTs. A Ação Transversal, diferentemente das Ações Verticais, não tem exigência de aplicação dos recursos em um setor específico. Já as Operações Especiais são ações direcionadas a empresas, e se subdividem em equalização de taxa de juros, subvenção econômica, investimento em empresas inovadoras e incentivo ao investimento pela implementação de instrumentos de garantia de liquidez.
Ações Verticais
As Ações Verticais englobam os Fundos Setoriais de Ciência e Tecnologia, que são instrumentos de financiamento de projetos de pesquisa, desenvolvimento e inovação no País criados a partir de 1999. Há 16 Fundos Setoriais, sendo 14 relativos a setores específicos e dois transversais. Destes, um é voltado à interação universidade-empresa (FVA – Fundo Verde-Amarelo), enquanto o outro é destinado a apoiar a melhoria da infraestrutura de ICTs (CT-Infra).
Ação Transversal
Definidas em julho de 2004 pelo Comitê de Coordenação dos Fundos Setoriais, as Ações Transversais são programas estratégicos do MCTI que tinham ênfase na Política Industrial, Tecnológica e de Comércio Exterior (PITCE) do Governo Federal à época. Os editais utilizam recursos de diversos Fundos Setoriais simultaneamente.
Nessa categoria, constam ainda três ações de caráter transversal voltadas para o apoio às ICTs: 1) ação destinada ao apoio a eventos, 2) ação destinada ao financiamento de estudos e projetos de pesquisa, desenvolvimento tecnológico e Inovação (P,D&I) em diversas áreas de conhecimento e 3) a ação de Fomento à Pesquisa e Desenvolvimento em Áreas Básicas e Estratégicas. A Ação Transversal foi autorizada pelo art. 14 da Lei nº 11.540/2007 e destina-se ao financiamento de ações identificadas com as diretrizes da Política Nacional de C,T&I e com as prioridades da Política Industrial e Tecnológica Nacional.
Operações Especiais
Apoio à inovação nas empresas – Essas ações são denominadas na Lei Orçamentária Anual (LOA) de Operações Especiais. Diferentemente das demais ações que compõem atualmente o FNDCT, são voltadas exclusivamente ao apoio à inovação nas empresas:
Arrecadação
Os recursos que compõem o FNDCT e permitem o cumprimento de sua missão são oriundos de: parcela sobre o valor de royalties sobre a produção de petróleo ou gás natural; percentual da receita operacional líquida de empresas de energia elétrica; percentual dos recursos decorrentes de contratos de cessão de direitos de uso da infraestrutura rodoviária para fins de exploração de sistemas de comunicação e telecomunicações; percentual dos recursos oriundos da compensação financeira pela utilização de recursos hídricos para fins de geração de energia elétrica; percentual das receitas destinadas ao fomento de atividade de pesquisa científica e desenvolvimento tecnológico do setor espacial; as receitas da contribuição de intervenção no domínio econômico; percentual do faturamento bruto de empresas que desenvolvam ou produzam bens e serviços de informática e automação; percentual sobre a parcela do produto da arrecadação do Adicional ao Frete para a Renovação da Marinha Mercante - AFRMM que cabe ao Fundo da Marinha Mercante - FMM; o produto do rendimento de suas aplicações em programas e projetos, bem como nos fundos de investimentos e participação no capital de empresas inovadoras; recursos provenientes de incentivos fiscais; o retorno dos empréstimos concedidos à Finep; recursos do Tesouro; os resultados de aplicações financeiras sobre as suas disponibilidades; a reversão dos saldos financeiros anuais não utilizados até o final do exercício, apurados no balanço anual; empréstimos de instituições financeiras ou outras entidades; e contribuições e doações de entidades públicas e privadas, não havendo, entretanto, registro de receitas do Fundo oriundas destas duas últimas fontes.
A arrecadação da CIDE dá origem a recursos para cinco fundos setoriais, além do CT-Infra: CT-Biotecnologia, CT-Saúde, CT-Agro, CT-Aeronáutico, Fundo Verde Amarelo, assim como para o Programa de Inovação para Competitividade. Esses recursos não podem ser usados em ações transversais, que são reguladas pelo Art. 15 da Lei nº 11.540/2007.
O CT-Infra é formado a partir da destinação de 20% da arrecadação dos fundos setoriais, exceto CT-Amazônia e Inovar-Auto.
Os Recursos Próprios são constituídos pelas devoluções feitas pela Finep ao FNDCT pelos empréstimos tomados (Ação 0A37) e pelo retorno de investimentos em fundos de participação (Ação 0745), bem como pelos rendimentos das aplicações financeiras sobre as disponibilidades do Fundo.