A Finep apoia a Embrapa desde sua criação, em 1973, até os dias de hoje. Os investimentos da financiadora ao longo dos anos se misturam com a história da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária. Da agricultura ao cultivo de algodão agroecológico colorido, passando por gado leiteiro e gado de corte, a Finep está presente em praticamente todas as iniciativas da empresa, ligada ao Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento.

Na década de 70, com recursos do Fundo Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (FNDCT), a Finep permitiu que a Embrapa mandasse jovens pesquisadores fazerem doutorado no exterior, garantindo que a empresa se tornasse o que é hoje. Em 1985 foi criada a Embrapa informática Agropecuária. A missão era viabilizar soluções de pesquisa, desenvolvimento e inovação em tecnologia de informação para a sustentabilidade da agricultura em beneficio da sociedade brasileira. A unidade teve amplo apoio da Finep para a sua criação e hoje trabalha com imagens de satélites para avançar em pesquisas de modelagem ambiental e mudanças climáticas.

Um dos desafios que a Embrapa superou com o apoio da Finep foi desenvolver um modelo de agricultura e pecuária tropical genuinamente brasileiro, quebrando as barreiras que limitavam a produção de alimentos, fibras e energia no País. Esse esforço em conjunto ajudou a transformar o Brasil, que tem atualmente um dos mais eficientes e sustentáveis sistemas agropecuários do planeta. A oferta de carne bovina e suína, por exemplo, foi quadruplicada e, a de frango, ampliada em 22 vezes. Essas são algumas das conquistas que tiraram o País de uma condição de importador de alimentos básicos e o colocaram como um dos maiores produtores e exportadores mundiais.