O FNDCT não possui pessoal nem estrutura física própria. Em seu decreto de criação, era prevista a figura de uma secretaria-executiva, papel atribuído em 1971 à Finep - Financiadora de Estudos e Projetos, e regulamentado também na Lei nº 11.540/2007. Com o objetivo de assegurar o apoio desde a pesquisa até o empreendimento final, a Finep mudou o seu perfil inicial, de apoio às empresas de consultoria em seus estudos de viabilidade e projetos de investimento, passando a atuar em todo o espectro do desenvolvimento científico e tecnológico. A gestão do FNDCT é compartilhada entre o seu Conselho Diretor, o Comitê de Coordenação do Fundo, o Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações (MCTI), por meio de sua secretaria-executiva, a Finep e os Comitês Gestores dos Fundos Setoriais, enquanto sua operacionalização é feita pela Finep e pelo Conselho Nacional de Pesquisa Científica e Tecnológica (CNPq), na qualidade de agências de fomento.

A Lei do FNDCT (Lei nº 11.540, de 12 de novembro de 2007) prevê no seu artigo 8º que "a Finep, na qualidade de Secretaria Executiva do FNDCT, receberá anualmente, para cobertura de despesas de administração, até 2% (dois por cento) dos recursos orçamentários atribuídos ao Fundo". Além disso, no artigo 13, também está prevista a aplicação de até 5% (cinco por cento) dos recursos arrecadados anualmente nas respectivas fontes de receitas para "despesas operacionais, de planejamento, prospecção, acompanhamento, avaliação e divulgação de resultados, relativas ao financiamento de atividades de pesquisa científica e desenvolvimento tecnológico das Programações Específicas do FNDCT". Com base nos limites legais, o Conselho Diretor do FNDCT define a cada ano os limites aplicáveis às despesas do Fundo.

Um levantamento dos últimos anos mostra que o limite estabelecido pelo Conselho Diretor do FNDCT sempre ficou abaixo do teto legal, e as despesas apuradas sempre foram inferiores ao limite ou em patamar muito próximo a ele. Em relação à taxa de administração, os empenhos e pagamentos também obedeceram aos limites estabelecidos na legislação. O gráfico com esses dados pode ser visto clicando aqui.

Como medida de transparência, a Finep apresenta as despesas operacionais apuradas e quantificadas por natureza. Os dados atualizados podem ser obtidos clicando aqui.