A partir de 2006, o FNDCT passou a conceder empréstimos à Finep se constituindo em fonte estável para o financiamento às empresas. O FNCDT já havia sido a principal fonte da Finep na concessão de empréstimos às empresas nas décadas de 70 e 80. Com a aprovação da Lei do FNDCT em 2007 (Lei nº 11.540) ficou regulamentado no Capitulo V – Da Aplicação dos Recursos, Artigo 12, inciso II, que os recursos do FNDCT poderão ser aplicados na modalidade reembolsável, “destinados a projetos de desenvolvimento tecnológico de empresas, sob a forma de empréstimo à Finep, que assume o risco integral da operação, observados, cumulativamente, os seguintes limites:
a) o montante anual das operações não poderá ultrapassar 25% (vinte e cinco por cento) das dotações consignadas na lei orçamentária anual ao FNDCT;
b) o saldo das operações de crédito realizadas pela Finep, inclusive as contratadas com recursos do FNDCT, não poderá ser superior a 9 (nove) vezes o patrimônio líquido da referida empresa pública”.

Desta forma, com recursos da Lei Orçamentária Anual (LOA) foi criada  a Ação 0A37 – Financiamento de Projetos de Desenvolvimento Tecnológico de Empresas - Nacional que faz parte do Programa Operações Oficiais de Crédito . Esses recursos não estão configurados na LOA como recursos do Fundo, mas constam como Recursos sob Supervisão do Fundo Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico/FNDCT – Ministério da Ciência e Tecnologia e Inovação (74910). Como são transferidos à Finep sob a forma de empréstimo, eles são devolvidos ao FNDCT através de juros e amortização passando a compor mais uma fonte de receita de recursos para o Fundo. Vale salientar que, com a saida dos royalties do petróleo como fonte do FNDCT, a devolução de juros e amortização das operações de empréstimo passou a se constituir na segunda fonte mais importante de receitas do fundo após a Contribuição de Intervenção no Domínio Econômico, informalmente chamada de CIDE. Outra observação importante é que esta operação de empréstimo à Finep permitiu o investimento em CT&I para empresas de receitas do FNDCT que vinham sendo retidas ou contingenciadas para operações não reembolsáveis.

Uma vez transferidos para a Finep, os recursos dessa Ação são concedidos às empresas na modalidade de crédito, de acordo com  condições aplicáveis das linhas de financiamento estabelecidas na Política Operacional da Finep. Na maioria das vezes os financiamentos concedidos combinam diferentes fontes de recursos, para dar flexibilidade no gerenciamento do fluxo financeiro para a carteira de projetos em desembolso, permitindo superar eventuais restrições de uma determinada fonte. A principal característica da fonte FNDCT para as operações de crédito é a possibilidade de financiamento a itens importados, tais como equipamentos e serviços técnicos especializados no exterior, muitas vezes imprescindíveis em operações que envolvem elevado risco tecnológico para as empresas.

Dentre os normativos que regulamentam a utilização dos recursos do FNDCT através do instrumento de garantia de liquidez tem-se a Lei nº 10.332/01, Decreto nº 4.195/02 e a Lei nº 11.540 de 12/11/2007.

Esse instrumento é operacionalizado com recursos do FNDCT da ação “Incentivo ao Investimento em Ciência e Tecnologia pela Implementação de Instrumentos de Garantia de Liquidez” e tem como objetivo a constituição de um fundo de garantia de liquidez para adequar a operação de investimento nas atividades de inovação, implementadas direta e indiretamente por fundos de investimentos. Trata-se de criação de uma reserva financeira técnica com capacidade de cobertura de liquidez na carteira de contratos de risco para redução do risco financeiro da FINEP associado ao investimento nas atividades de inovação.

A FINEP utiliza o Instrumento de Garantia de Liquidez (Incentivo ao Investimento em Ciência e Tecnologia pela Implementação de Instrumentos de Garantia de Liquidez) para o desenvolvimento da indústria de Venture Capital, através da atração de investidores anjos para investimento em fundos de capital semente. O investimento anjo é o investimento efetuado por pessoas físicas com seu capital próprio em empresas nascentes com alto potencial de crescimento. Normalmente estes investidores são profissionais experientes da indústria de atuação das empresas e agregam valor para os empreendimentos com seus conhecimentos, rede de relacionamento, além dos recursos financeiros. Não possuem posição executiva na empresa, porém dão apoio ao empreendedor ou como mentor ou participando do conselho de administração.

A garantia de liquidez consiste em uma opção de venda das quotas do fundo, oferecida pela FINEP aos investidores anjos do fundo, com preço de exercício igual ao capital nominal investido por eles. Com esse mecanismo, caso o fundo não seja bem sucedido o investidor pessoa física recupera ao menos o seu capital investido. Isso torna o fundo mais atrativo para estes investidores.

Este mecanismo só é oferecido aos fundos de capital semente, que possuem dificuldade de captação de recursos entre os investidores tradicionais, como os fundos de pensão. O orçamento de garantia de liquidez consiste em recursos reservados para o caso das opções de venda serem exercidas pelos investidores.