Definidas em julho de 2004 pelo Comitê de Coordenação dos Fundos Setoriais, as Ações Transversais são programas estratégicos do MCT que tinham ênfase na Política Industrial, Tecnológica e de Comércio Exterior (PITCE) do Governo Federal à época. Hoje a referência das Ações é o Programa Brasil Maior. Os editais utilizam recursos de diversos Fundos Setoriais simultaneamente.