No que concerne às modalidades de apoio, os recursos do FNDCT podem ser aplicados das seguintes formas:

• • Não reembolsável, para financiamentos de projetos de ICTs, projetos de cooperação entre ICTs e empresas, projetos de subvenção econômica para empresas, equalização de encargos financeiros nas operações de crédito e programas desenvolvidos por organizações sociais que mantenham contrato de gestão com o MCTI e que promovam e incentivem a realização de projetos de pesquisa, desenvolvimento e inovação;
  • Reembolsável, destinados a projetos de desenvolvimento tecnológico de empresas, sob a forma de empréstimo;
  • Aporte de capital mediante participação societária em empresas inovadoras e em fundos de investimentos autorizados pela Comissão de Valores Mobiliários (CVM) e garantia de liquidez para este tipo de investimento.

Os principais instrumentos adotados para a aplicação dos recursos não reembolsáveis são os seguintes:

• • Chamadas Públicas: são instrumentos de seleção de propostas abertos a qualquer interessado qualificado baseado em critérios pré-estabelecidos, podendo contemplar uma ou mais fases;
  • Cartas-Convite: são instrumentos de seleção de propostas através de convite a instituições, identificadas segundo critérios de singularidade, capacitação e competência pré-estabelecidos, para apresentação de propostas, podendo contemplar uma ou mais fases;
  • Encomendas: são instrumentos destinados a ações específicas de execução de políticas públicas, tendo como requisitos a criticidade ou a especificidade do tema, a singularidade da instituição ou a existência de competência restrita, podendo ter, entre outras características, a vinculação a prioridades de programas de governo, a programas estratégicos da área de ciência, tecnologia e inovação ou a urgência no seu desenvolvimento.