Os Fundos Setoriais foram criados pelo Governo Federal em 1999 e a Finep é responsável por sua gestão e também a Secretaria Executiva do FNDCT - Fundo Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.
A Finep e o CNPq, são os responsáveis pela contratação dos projetos do FNDCT, seguindo as diretrizes dos Comitês Gestores de cada fundo.
