O Fundo Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (FNDCT) foi criado em 31 de julho de 1969 por meio do Decreto-Lei nº 719, com a finalidade de dar apoio financeiro aos programas e projetos prioritários de desenvolvimento científico e tecnológico.

Até a criação do FNDCT, o financiamento da pesquisa no Brasil era feito no nível individual do pesquisador. Esse modelo não era suficiente para a forte expansão desejada à época para a área científica e tecnológica. O FNDCT foi criado para redirecionar esta lógica de apoio para os programas e projetos prioritários definidos no Plano Básico de Desenvolvimento Científico Tecnológico (PBDCT).

Na década de 1970, o FNDCT foi importante no apoio ao crescimento dos cursos de pós-graduação e, consequentemente, na institucionalização da pesquisa científica e tecnológica no Brasil e no apoio às instituições pertencentes a setores contemplados pelos PBDCTs. O período de constituição do sistema de ciência e tecnologia (até 1980) caracterizou-se por recursos orçamentários crescentes, poucas operações e valor médio alto dos projetos.

A partir de 1979, o orçamento do Fundo começa a cair, tendo queda acentuada nos anos seguintes. Apesar da criação do Ministério da Ciência e Tecnologia em 1985, o FNDCT atingiu seu valor mais baixo em 1991, oscilando nesse patamar até quase o final da década de 1990.

Em seu início, não era atribuída ao FNDCT nenhuma receita vinculada oriunda de contribuições ou impostos. Visando garantir uma arrecadação própria para o Fundo, foi estabelecido, a partir de 1997, um conjunto de ações programáticas setoriais, os Fundos Setoriais, com receitas vinculadas, para garantir a arrecadação.

A governança do FNDCT começou a ser então reestruturada a partir de 1997, com a criação dos Fundos Setoriais e seus respectivos Comitês Gestores, assim como com a criação do Comitê de Coordenação dos Fundos Setoriais em 2004. Em 2007, foi promulgada a Lei nº 11.540 (Lei do FNDCT), regulamentada pelo Decreto nº 6.938/2009, que dotou o Fundo de um Conselho Diretor.

A partir da edição da Emenda Constitucional nº 85/2015, que trouxe para a Constituição Federal diretrizes voltadas para Ciência, Tecnologia e Inovação, verificou-se a revisão de dispositivos legais vigentes de modo a conferir tratamento específico aos Projetos de Pesquisa, Desenvolvimento e Infraestrutura nas áreas de Ciência, Tecnologia e Inovação. Essa revisão foi materializada através da edição da Lei nº 13.243/2016 e do Decreto nº 9.283/2018, que somados à Emenda Constitucional nº 85/2015, à Lei de Inovação (nº 10.973/2004) e aos demais dispositivos legais alterados, constituem o Marco Legal da Ciência, Tecnologia e Inovação.

A Lei Complementar nº 177, sancionada em 12/01/2021, transformou o FNDCT de fundo de natureza contábil para fundo de natureza contábil e financeira. Adicionalmente, o Art. 2º desta lei alterou os parágrafos primeiro e segundo do Art. 11 da Lei nº 11.540/2007 para vedar quaisquer limites à execução da programação orçamentária e financeira do FNDCT, exceto quando houver frustração de arrecadação. Com a alteração promovida pela Lei Complementar no parágrafo terceiro do Art.11 da Lei nº 11.540/2007, ficou vedada também a alocação de recursos do FNDCT em reserva de contingência de natureza primária ou financeira. Outras mudanças importantes foram a ampliação do limite do empréstimo do FNDCT de 25% para 50% da dotação orçamentária anual do Fundo e a inclusão dos programas desenvolvidos por organizações sociais, qualificadas conforme a Lei nº 9.637/1998, que mantenham contrato de gestão com o Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovações e que promovam e incentivem a realização de projetos de pesquisa, desenvolvimento e inovação, entre as aplicações não reembolsáveis do FNDCT, limitados a 25% dos recursos disponibilizados no FNDCT para operações não reembolsáveis, a cada exercício.

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